Thuế thu nhập cá nhân được tính dựa trên số lương mà người đó nhận được trong vòng một năm. Không chỉ có người Nhật mà những người nước ngoài sinh sống tại Nhật cũng có nghĩa vụ và trách nhiệm đóng thuế thu nhập cá nhân.
Thuế thu nhập cá nhân đóng góp vào sự phát triển đất nước và thực hiện phân phối điều chỉnh thu nhập trong xã hội một cách hợp lý. Tuy nhiên tình trạng trốn thuế ở Nhật cũng không phải là không có.

Thuế thu nhập cá nhân được áp dụng từ năm 2015

Cách tính thuế thu nhập cá nhân:
 Thuế thu nhập cá nhân = Thu nhập trong một năm x Mức thuế – Mức khấu trừ

Trường hợp một người có thu nhập là 7.000.000JPY/năm thì thuế thu nhập cá nhân của người này sẽ là: 7.000.000 x 0.23 – 636.000 = 974.000 (JPY)

– Mức thuế thu nhập cá nhân còn tuỳ vào số người phụ thuộc vào cá nhân đóng thuế.
– Thu nhập dưới 1.030.000JPY/năm sẽ được miễn thuế thu nhập cá nhân.
– Một người có visa ở Nhật dưới 1 năm mà tiền lương hay số tiền nhận được ở một thời điểm trên 1.000.000JPY thì phải đóng thuế thu nhập 20%.